激動の明治時代初期の日本を懸命に生きた剣客、緋村剣心の愛と戦いの物語。

元幕末の人斬り抜刀斎として恐れられた剣士、緋村剣心は、過去の罪を償うために「不殺（ころさず）の誓い」を立て、逆刃刀を持って旅を続けている。東京に着いた剣心は、神谷道場の師範代、神谷薫と出会い、彼女の道場に居候することに。

剣心は薫や他の仲間たち（相楽左之助、高荷恵、明神弥彦）と共に、新たな時代の中で過去の因縁や新たな敵と戦いながら、平和を守るために奮闘する。

剣心がかつて仕えていた人々や、彼の過去の行為によって影響を受けた人々との葛藤の中で、己の信念を貫きながら、真の平和を見つけていく。